摩尔多瓦共和国的领土历史悠久，自旧石器时代下（约50万年前）以来就有人居住。新石器时代带来了以其杰出的艺术成就而闻名的库库特尼-的黎波里文化。

Sursa foto: Registrul patrimoniului cultural național mobil

Geto-Dacian文明在公元前6世纪至1世纪之间在摩尔多瓦繁荣。罗马化发生在公元前2世纪，图拉真皇帝战胜了达契亚，影响了该地区的语言和文化。

271年罗马军团撤出后，摩尔多瓦以民众迁徙为标志，1359年摩尔达维亚封建国家成立，波格丹一世为创始人。

1812 年，《布加勒斯特条约》导致俄罗斯帝国吞并摩尔多瓦东部，称为比萨拉比亚，俄罗斯帝国统治该领土直到 1918 年。

1918 年，比萨拉比亚土地委员会决定与罗马尼亚结盟，一直持续到 1940 年，当时，根据 1939 年的里宾特洛甫-莫洛托夫条约，比萨拉比亚被苏联吞并。作为苏联境内的一个领土单位，它一直运作到 20 世纪的最后十年。

1991年8月27日，摩尔多瓦共和国成为一个独立的主权国家。

宣布独立后，摩尔多瓦共和国经历了一系列政治和经济变革。此外，在随后的几年里，摩尔多瓦共和国表示有兴趣与欧洲联盟靠拢。因此，在2010年1月，关于结盟协定的谈判启动。谈判结束后，于2014年6月27日在比利时布鲁塞尔签署。

2022年3月4日，摩尔多瓦共和国正式提交加入欧盟的申请。

2022年6月17日，欧盟委员会就加入申请发表了意见，建议欧盟理事会在将在多个领域采取措施的情况下给予摩尔多瓦共和国候选地位。

2022年6月23日，欧洲理事会承认摩尔多瓦共和国的欧洲前景，并决定授予其加入欧盟候选国的地位。